Uji materi UU BHP dimohonkan oleh Assosiasi Badan Penyelengaraan Perguruan Tinggi Swasta Indonesia (ABPPTSI), Yayasan Pembina Lembaga Pendidikan Persatuan Guru Republik Indonesia (YPLP-PGRI) dan Yayasan-yayasan lainnya.
Mahkamah Konstitusi (MK) dalam putusannya memberikan 5 alasan pencabutan UU BHP.
- UU BHP mempunyai banyak kelemahan baik secara yuridis, kejelasan maksud dan keselarasan dengan UU lain.
- UU BHP mempunyai asumsi penyelenggara pendidikan di Indonesia mempunyai kemampuan sama. Tapi, realitasnya kesamaan Perguruan Tinggi Negeri (PTN) tak berarti semua PTN mempunyai kesamaan yang sama.
- Pemberian otonomi kepada PTN akan berakibat beragam. Karena lebih banyak PTN
yang tidak mampu menghimpun dana karena terbatasnya pasar usaha di tiap daerah. Hal ini akan menyebabkan terganggunya penyelenggaraan pendidikan. - UU BHP tidak menjamin tercapainya tujuan pendidikan nasional dan menimbulkan
kepastian hukum. UU BHP bertentangan dengan pasal 28D ayat 1, dan Pasal 31 UUD 1945. - Prinsip nirlaba tak hanya bisa diterapkan dalam BHP tapi juga dalam bentuk
badan hukum lainnya.